虽然《超神学院》有着重度科学幻想的元素，但是，仍然坚持以霍金宇宙为纲，也就是目前人类认知的宇宙观为主，而不介入其他科幻作品的世界观，比如多维世界等。也就是说，时间线是不可逆的，主生物文明皆生活在同一个维度。而宇宙则被视为一个巨大的星系树，树状结构下，各个文明坐落在不同的星系。
    主生物文明
    也就是在同一个维度互相认知理解的文明，地球属于主生物文明。
    在这个层面上，设定了最高阶层的文明为3个神河文明、天使文明、和暗世界。
    在这个设定上，最高文明可以跨越巨大星系，并对整个宇宙星系树有非常直观的掌握，可以通过最高科技互相穿越；拥有最高的永恒能源系统，即恒星能源，以及诸多如反物质能源、暗能量等，并且开启了生命的永恒时代。显然，单纯的星球、行星，已经无法捆绑这样的文明，他们的生活方式以及存在方式，都属于星云级别。
    也就是说，他们的世界属于神河星云、天使星云、黑暗星云。
    此后，天使星云的高阶天使莫甘娜叛逃，并建立了与天使星云相当的恶魔星云。
    次生物文明
    未被主生物定义甚至发现的未知领域。
    无论主生物文明如何发展，始终会遇到更强大的不可抗力；在主生物科技下，无法逾越。简单的说，宇宙容不下最高智慧。智慧突破不了宇宙，便无法理解。他们将其定义为终极恐惧，也就是智慧无法逾越的障碍。在终极恐惧状态下，所有一切认知都可能是完全错误的。比如说，我们科技的发展，探索到了宇宙的边缘；当文明的智慧向边缘探索时，就会发现，无论何种科技理论，以及过去数十万年积累的知识，都无法定义宇宙边缘，但它却存在。于是，必然仍然有一种文明所未能了解的知识能破解这一切，破解连最高智慧都无法穿透的一切。而黑暗星云的最高智慧者——死神卡尔，将其定义为终极虚空。而这个世界的知识必将全面超越已知智慧。
    可是有很多蛛丝马迹都表达了，虚空确实存在，并且存在虚空级别的文明。
    就好像，天使星云的文明发展了10万年，当她们自认为到了智慧的顶端并可以永恒时，不可否认她们不能是第一个这样的文明，宇宙诞生了137亿年，即便往前走100亿年，也可能出现相当的文明，他们永恒并传承到当代；可是，我们却完全发现不了，最高智慧的天使也发现不了。即便能将整个宇宙树完美交通并解算的神河文明大时钟，也无法捕捉到更古老文明的存在。
    这是不符合宇宙逻辑的。
    那么如果存在，它们就一定不是主流生物，甚至更多的可能，它们以某种宇宙概念存在。
    于是，终极恐惧，就成了最高智慧者所真正恐惧的东西。
    但是，诸多智者在继续的研究中，发现了基因密码最终仍然不过是一段概念数据。虽然这个数据量非常庞大，但他们可以被记录被保存被重新创造出来。
    天使文明的神圣凯莎最先领悟到超级基因密码，并且将其运用在了为数不多的天使战士和自己身上。这就是最终的永恒，密码可以被散布在宇宙的任何地方，只要有当量的能量和物质，就可以再生。
    但是，这属于文明的终极机密；无论凯莎，还是天使族的任何人，都没有对外公布过这种科技。也就是说，外界并不清楚天使的所谓永恒，到底源自何处。
    同样，卡尔和基兰也早早地解密了这层技术，但基兰实际上走的比较慢，只能把最高技术延用在三个神身上。卡尔则研究更多。
    那么，当一个神仅仅只是以一个数据，甚至一段信息存在时，或许整个宇宙框架就可以改写，时代就可以过渡到虚空时代（假设虚空的概念是正确的）。那么，飘忽在宇宙的信息生命，或许就是虚空生命。而认识宇宙的方式，则将完全不同。
    而基兰也不再以有机生命的形式存在，他已经开始潜入虚空边缘，探索新的宇宙。他给宇宙留下的信息，则是超神学院超越神。当然，每个时代对超神学院的解读都不同在冷兵器时代，叫人定胜天；工业时代，叫民主自由；在当代，叫人权至上；在宇航时代，叫突破智慧；在造神时代，叫超越神权。
    天使文明的神权主义
    每一个文明都会经历无数次灾难，从陨石落地，到火山爆发，到战争瘟疫，接着迎来了核科技、核战、生化战、人文衰退、行星陨落，
    太阳枯竭、超新星爆发等等。终有一个文明能支撑到最后，他们生活在恒星遗迹，宇宙星云中。
    当文明的最终形态下，高等生命的数量已经非常稀少，而资源高度集中；以至于最后，资源集中得最多的那位，被选举为文明的最高执事，也就是被称之为神的时候；那么，这个神，就应该是最权威、最公正并且最客观的存在，即是神的旨意。因为这个神是由文明的最高智慧选举出来的。
    简单地理解，一个1亿人口的国家，需要一个1000人组成的议会团，但是一个只有1000人的国家，或许只需要数十人的领导层，甚至只有1个领导者。但这1000人拥有了宇宙的最高智慧，所以他们选择的领导者必定是最高智慧的拥有者。实际上，他只要判断1000人的是非曲直。
    然而，或许他治下仍然还有其他的低等文明，最高智慧者对低等文明的认识和理解，必然超越了低等文明的任何人。那么，这位最高智者即是神神，所做出的判断，必将是最公正并合乎文明发展逻辑的，此乃神的旨意。
    这就是神圣凯莎的神权主义。神可以判断并决议对低等文明的任何事情，如果这位神有兴趣的话。而凯莎拥有自己的理念，文明的理念，即正义战胜邪恶，天使惩戒恶魔。
    凯莎以这个理念作为准则，向全宇宙的所有文明传播并用以做文明进步的精神指导，但不直接介入文明的管理。而天使的美丽和圣洁往往是低等文明疯狂信仰的动力。
    天使文明实际拥有的天使数量并不多，大约只有数万名天使。而其中高等天使往往就是其他低等文明信仰的神。
    神的概念
    超神学院的基本设计框架，是假设当文明已经发展到了瓶颈，最后产生的超级智慧生命，他们会超越我们对科技的理解，对宇航的向往，对未知宇宙的探索，而进化到一种难以理解的状态，即神。
    文明的发展，在核前时代，生命蓬勃发展；但是核战爆发，文明的生命最终被大量抹杀，剩下来的生命将更顽强更强大。但文明的进程也将随之改变，生命开始不再以繁衍为主题，更多的是对人类脆弱生命的思考和探索。
    与其发动国家资源去建设庞大的星际战舰，不如把所有余力集中起来研究如何抵御下一次核战争，甚至其他文明的毁灭式入侵。
    科技朝着超级基因的方向发展下去。
    生命之于宇宙的意义，不应该只是生老病死，生生不息；更多美好的事物，是生命更追求更向往的。
    当数百千万年的研究慢慢展开后，人类的寿命渐渐得以延展，智慧渐渐提高，精神渐渐升华；最后，人们会发现，生育率越来越低，人口越来越少。人们已经不再思考30岁生孩子，相反，他们可能1000年后才开始考虑后代的问题。而资源越来越集中，医疗、能源、食物都要为保障一个活着的生命1000年甚至1万年的需求。他们能受得住太阳风的冲击却同样要觅食当量的能量。在核辐射下，他们维持生存靠的是补充相当的能源。这都会造就，文明到了最后，生命实际越来越少，但越来越强。
    甚至更多的生命在探索其他星系的时候早早地离开，都让文明最终走向衰亡，以及同样还有比超新星爆炸更可怕的宇宙灾难。
    于是，神不知不觉诞生了。
    只有神，才具备真正探索宇宙的能力。因为他们可能接近永恒，有足够的时间，或许他们的基因能应对各种宇宙灾难，甚至能去到更多凡人去不了的地方；并且不必驾驶需要数万人在里头生生死死的星际战舰，一个人就能完成所有的事情，以及传播自己文明的故事和信仰。
    目前，我们地球探索不到外星生命的迹象，不是因为它们没有，而是因为，宇航时代根本只是一个星际探索的启蒙，它们甚至靠光速移动也离不开自己的小小星系。只有进化到造神时代，才真正步入宇宙。我们地球探索不到宇宙飞船，遗迹等等。因为他们不是开着飞船探索宇宙，他们是神。当你觉得外星人不存在，神不存在的时候，你的生命里，你的智慧里出现了正义这个概念；是因为她们，神圣天使曾经来过。
    这就是超神宇宙。
    萨拉雷（刘怀）